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"Saga Zero"

Megaman Zero

En estasis desde las Guerras Élficas, el sueño de Zero se ve interrumpido bajo circunstancias como las de hace un siglo. Los Reploides y los humanos se encuentran en guerra. Con la esperanza de acabar con la insensata destrucción de los Reploides, una desarrolladora de Reploides de Neo Arcadia llamada Ciel organiza una resistencia y despierta a Zero. A pesar de su escasa memoria, Zero acepta ayudar a la Resistencia.

Megaman Zero 2

Un joven funcionario Reploide llamado Elpizo fue elegido para liderar la Resistencia mientras Ciel se dedicaba a desarrollar una nueva fuente de energía; algo que ella esperaba que terminara la guerra por la energía contra los Reploides. Tras sufrir una pérdida contra Neo Arcadia, Elpizo huye con un Elfo Bebé, con la esperanza de conseguir poder. Persiguiendo a Elpizo, Zero se infiltra dentro de Neo Arcadia, sólo para encontrar a un Elpizo muy distinto ante el hechizo de la Dark Elf.

Megaman Zero 3

Ciel ha logrado desarrollar una nueva fuente de energía, y está muy entusiasmada por la posibilidad de acabar con la guerra energética. Enseguida se pone en contacto con Neo Arcadia, pero se da cuenta que está ahora bajo el control de Weil. Enfurecido por su exilio de Neo Arcadia, él está decidido a revivir la guerra de hace 100 años, mandando a la Dark Elf y Omega contra la Resistencia, pero como en el pasado, las ambiciones de Weil son frustradas por el esfuerzo mutuo de X y Zero.

Megaman Zero 4

Bajo la dictadura impuesta por el Dr. Weil, Neo Arcadia se ha convertido en un infierno tanto para Humanos como para Reploides por lo cual, cualquier humano o Reploide que muestre señales de rebelión al mandato de Weil, es tachado como Maverick y en consecuencia es ejecutado sin miramiento alguno. Algunos humanos, cansados de esta situación, han decidido escapar de Neo Arcadia buscando desesperadamente el nuevo edén, una zona conocida como el Area Zero, que es nada menos que el lugar donde la Colonia espacial Eurasia se estrelló en los eventos de Mega Man X5. Ahora que X ya no puede interferir, Zero debe una vez más enfrentarse a Neo Arcadia para defender a los humanos, pero éstos están cansados de la existencia de los reploid, pues ellos creen que los reploids sólo generan guerras, debido a esto, ellos no confían en Zero ni en la Resistencia. Ignorándolos, Zero decide hacer frente a Craft antes que sus tropas destruyan la naturaleza en el Area 0, para ello debe derrotar a ocho Guerreros (llamados Los Ocho Guerreros Einherjar) enviados por Weil. Al final, todo se revela como una gran distracción que tiene como propósito permitir a Dr. Weil reorientar y terminar una plataforma espacial llamada Ragnarok, la cual disparará contra el Área Zero y con ello destruirá la Resistencia, humanos, reploids y a Zero; dejando a Weil como líder indiscutible. Craft se rebelará ante Weil pues piensa que tal manera de pensar no es la correcta para controlar a los humanos, pero aun así tendrá que pelear contra Zero. Aunque Zero logra detener a Craft, mientras Neo Arcadia es destruida, Ragnarok es disparado. Zero debe volver a la plataforma espacial para averiguar cómo es posible que la plataforma siga operativa. Zero encuentra a Weil quien le revela que como es un androide modificado para vivir por siempre, no puede morir; el ataque a Neo Arcadia no le afectó. Weil considera que sólo él es digno de regir a los humanos y a los reploids y planea demostrarlo estrellando Ragnarok contra la tierra para destruir lo que queda de la naturaleza y convertirse en la única fuerza capaz de preservar a los humanos. Zero decide enfrentarlo para destruir el núcleo de su cuerpo mecánico y con ello detonar a Ragnarok antes que penetre la atmósfera de la Tierra. Pero la batalla se lleva todo de Weil y Zero cuando Ragnarok penetra la atmósfera de la tierra y la explosión del núcleo la desintegra por completo. Ciel, la Resistencia, y los humanos que escaparon hacia Area Zero sólo pueden observar la lluvia de los fragmentos del ragnarok y esperar que, tras preservar esta nueva paz entre humanos y Reploid, algún día, Zero regrese.